神宗元年，因为群牧司官员很少深入地方各州县巡查，以致监管不力。

政府又增设河南河北监牧司，分别置监牧使各一人、都监各一人，河南河北监牧司由枢密院直接管辖，其官员与群牧司没有隶属关系。

为了完善监牧制度，北宋政府还设置了孽生监，也就是种马场。努力提高战马繁育率和成活率，同时减低种马的死亡率，以此达到壮大战马群体、提高战马质量的目的。

北宋前期，由于朝廷的马政体制还不健全，所以北宋市的马交易大多是由皇帝直接指定专人负责，这时，皇帝就会直接派遣心腹去边州的马匹。

太祖在位的时候，每年都有使者前往边州，北宋北方边州危在旦夕，朝廷便派使者前往各地采购马匹。

这说明，在北宋初期，特使驻边州的马匹，主要是因为组织不全，经常发生战争，没有固定的制度，所以才会有专门的马匹。从这一点可以看出，北宋初期所收集的马匹的来源是不确定的。

当时，宋、辽两国的关系十分紧张，与各少数民族的马群交易，不但能买到马匹，而且还能实行“羁縻政策”，安定边疆。与此同时，北宋还从民间采购马匹，以补充兵马，以备战对辽。

与专门的马匹不同，估马司的马匹是按照市马的交易价格来定的，这让北宋的马匹品质得到了极大的提高。比估马司成立三年，成立了群牧司，将城市马匹的各个方面都纳入到了整体的考量之中。

作为估马司的最高权力机关，他负责监督采购马的采购，并负责发放资金，检查采购的质量。而估马司，则是北方边州市马交易的执行者，执行所有的命令。

北方边州的马在陕西北方的秦凤和熙河二路中的地位日益突出。

于是，群牧司的官员，从原来的内官，变成了陕西的副都督。同时，牧区也从起初的重点集中在监牧繁殖的国家，逐步转向了对北方边州的马匹的重视。