当时负责辽东军事的兵备副使郭广初赶到宁远，试图平息兵变。他先拿出了二万两银子作为军饷发给士兵，但士兵们嫌少，于是他又从宁远商民那里借来了三万两，凑足了五万两给士兵，这才平息了兵变。

兵变平息后，巡抚毕自肃因畏罪自杀。

袁崇焕得到消息后，单骑出关，赶到宁远兵营，首先进行思想政治工作，安抚士兵的情绪。然后，他处决了主要参与兵变的人员，奖励未参与的祖大乐，成功平息了动乱。

袁崇焕奏报朝廷之后，崇祯终于意识到，也许辽东的战力和袁崇焕的承诺都只是镜中月水。这种随时可能发生叛变的士兵，怎么能成为后金的对手呢？

刘香对宁远兵变的经过了如指掌，袁崇焕上任后，他让人加强对皮岛的监视。刘香决定等待袁崇焕诛杀毛文龙之后，立即接收皮岛的兵力和人口，绝不能让他们有机会投降后金。

在袁崇焕单骑出关平定兵变时，刘香新组建的舰队已经扬帆起航，目标直指爪哇岛上的巴达维亚。他们利用舰队在正面吸引火力，然后海军陆战队从侧后方登陆，攻破了岸防炮台。

失去岸防炮台后，巴达维亚的荷兰海军陷入了前后夹击之中，海面上是刘香的40艘重型战列舰，背后则是五百门重型加农炮。荷兰海军毫无还手之力，只能痛快地举起白旗投降。随着港口争夺战的结束，巴达维亚城也失去了抵抗的意义，随即投降。

至此，荷兰在东印度群岛确立了最重要的战略基地，成为刘香的西洋舰队的驻地。巴达维亚也因此改名为西津。在这片土地上，已经有十万荷兰移民，他们建立了巨大的造船厂和兵工厂，希望能够减轻从欧洲本土调兵的压力。

然而，现在这一切都落在了刘香的手中。拥有这十万人口，再加上蔡华俘虏的大量荷兰海军，刘香手中已经拥有足够多的谈判筹码。

荷兰在得知巴达维亚丧失的消息后，立即与英国一起放弃了新加坡，并将舰队撤回印度洋，开始采取防守姿态。在本土支援再次到来之前，他们只能祈祷刘香不会发疯进攻印度。