当太平军放弃武昌、汉阳后，东王杨秀清命令燕王秦日纲加强田家镇的防御。这里位于武昌与黄石之间的长江北岸，是通往安徽的重要门户，地理位置极其重要。秦日纲依据有利地形，采取“连舟断江”的策略，在江面上设置了铁索相连的障碍物，并在后面部署了装有大炮的竹木筏以及辎重，使得整个防御体系看起来犹如一座坚固的城市。

十月十二日，彭玉麟、杨岳斌与塔齐布、罗泽南等将领在距离田家镇不远的地方商讨破敌之策。当晚，他们制定了详细的作战计划，将水师分为四个部分：第一队负责切断铁链；第二队攻击敌方炮船以掩护第一队；第三队待铁链被切断后立即冲锋，焚烧敌舰；第四队则留守老营防止敌人反扑。次日清晨，战斗正式打响。孙昌凯等人驾驶快艇直冲向横跨江面的铁链，用斧头砍断固定铁链的挂钩，并点燃炉火将铁链烧红后予以斩断。与此同时，彭玉麟指挥舢板小船猛烈攻击敌方炮船，为孙昌凯等人的行动提供掩护。铁链一旦被切断，杨岳斌即率部顺流而下，直至武穴，然后放火烧毁沿途遇到的所有太平军船只。得益于适时刮起的东南风，大火迅速蔓延开来，共摧毁了四千余艘敌舰，并俘获五百余艘。为了避免士兵因贪图战利品而涣散军心，彭玉麟下令焚毁所有缴获的船只。随后一天，太平军自焚营地，撤离田家镇，向东退往黄梅。湘军趁势追击，彭玉麟所部甚至推进到了九江府附近的江面。此次胜利使湘军水师声名远扬，清廷赐予彭玉麟巴图鲁称号，并要求各地水军学习其战术。

进入咸丰五年（1855年），为了阻止湘军继续向东挺进，太平天国加强了石钟山、湖口及九江等地的防守力量。翼王石达开亲自坐镇湖口指挥，罗大纲守卫对岸的梅家洲，林启容则坚守九江，三地互为犄角之势。曾国藩率领一万五千余人围攻九江，但进展缓慢，伤亡惨重。与此同时，彭玉麟带领水师参与其中，虽在小池口和湖口取得了一些局部胜利，却未能改变整体局势。一次夜间突袭导致曾国藩所在的帅船被毁，给湘军带来了重大损失。鉴于直接攻克九江难度极大，曾国藩转而尝试攻取梅家洲和湖口。期间，萧捷三受命率领一百二十多艘小型战船试图通过长江进入鄱阳湖消灭太平军水营，结果不幸被封锁，与外界隔绝。失去这些灵活机动的小船支持后，湘军的大船变得极为脆弱，多次遭到夜袭，遭受严重破坏。无奈之下，曾国藩只得下令撤退。彭玉麟虽然尽力救援，但最终只能跟随残余部队返回武汉。自此，湘军水师被迫分裂为内湖和外江两个独立的部分。

不久之后，曾国藩指示彭玉麟带领尚存的七十多艘较为完好的战船前往沔阳州新堤进行修整。就在这个时候，武昌、汉阳再次落入太平军手中。彭玉麟随即在当地招募新兵并建造船只，逐渐恢复了外江水师的力量，使其人数达到了三千左右，由他和杨岳斌共同指挥。同年七月，应湖北巡抚胡林翼之邀，彭玉麟带领部队从金口出发，先是攻克蔡店及其周边地区，接着又成功占领了汉阳，并在此过程中俘虏了多名太平军高级将领。随后，他还接连夺取了五显庙、晴川阁等地，并在叶家洲焚烧了两百余艘敌船，进一步巩固了湘军在该区域的优势地位。

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咸丰四年（1854年），湘军水师在从沙口返回沌口的途中遭遇了太平军的猛烈炮击。在这次战斗中，彭玉麟所乘坐的战船桅杆被炮火打断，船只无法继续前进，情况十分危急。就在此时，杨岳斌驾驶的战船经过，但当彭玉麟向他呼救时，杨岳斌却假装没有听见，迅速离开了现场。幸运的是，彭玉麟部下的成发翔恰好驾着一艘舢板经过，彭玉麟得以跳入其中逃过一劫。事后，湖北巡抚胡林翼上书称赞彭玉麟“忠勇冠军”，并指出其胆识与坚定。清廷也对此事给予了嘉奖，并以道员的身份记名。

随着战争局势的发展，塔齐布去世，萧捷三也在战场上阵亡，内湖水师失去了领导核心。在这种情况下，曾国藩决定调遣彭玉麟来江西接管内湖水师。当时彭玉麟正在长沙休假，接到命令后，尽管袁州、瑞州等地已被太平军占领，导致前往江西的道路受阻，彭玉麟仍然设法伪装成一名游学乞食者，穿着破旧的衣服徒步行走七百里，巧妙地避开了沿途太平军的盘查，最终成功抵达南昌的曾国藩大营。接手内湖水师后，彭玉麟进行了大规模的整顿和扩充，使得水师规模达到了十营六百艘船，大大增强了战斗力。

到了咸丰六年（1856年），彭玉麟因功被提拔为广东惠潮嘉道。在此期间，他在樟树镇、临江吴城以及涂家埠等地多次击败太平军，重新夺回了南康等地，展现了卓越的指挥才能。紧接着，在咸丰七年（1857年），由于曾国藩回家处理父亲丧事，彭玉麟与杨岳斌共同接过了曾国藩麾下湘军的指挥权。同年九月，湖口地区的拉锯战迎来了转折点，随着鄂东地区战斗的结束及江西援军的到来，第二次湖口战役拉开序幕。彭玉麟与杨岳斌商定采取夹击策略进攻湖口，然而内湖水师却被困于石钟山和梅家洲外，难以突破敌人的防线。面对这一困境，彭玉麟果断指挥内湖水师分三队强行突围，与此同时，杨岳斌率领外江水师到达湖口附近提供火力支援。通过这次行动，两支分离已久的水师部队终于实现了会合，极大地鼓舞了士气。随后，他们联手攻克了湖口及其对岸的梅家洲，彭玉麟也因此获得了加按察使衔的荣誉。

进入咸丰八年（1858年），彭玉麟与杨岳斌带领湘军水师连续攻占了枞阳、大通、铜陵和峡口等多个太平军据点，配合陆上的李续宾部队成功收复九江府城。对于这一系列胜利，清廷再次给予高度评价，授予彭玉麟布政使衔作为奖励。

五、连战克捷

咸丰十年（1860年），彭玉麟与杨岳斌合并兵力，共同应对太平军的威胁。他们分兵救援受到攻击的彭泽和湖口，并成功攻克了都昌。这次行动不仅巩固了湘军在长江沿岸的地位，也为后续的战略部署奠定了基础。

到了咸丰十一年（1861年）初，彭玉麟抵达下巴河，指挥水师阻止了太平天国陈玉成部渡江南下的企图。这一胜利对于保持清廷对长江下游地区的控制至关重要。一个多月后，清廷授予彭玉麟广东按察使之职，以表彰他的贡献。随后，彭玉麟与李续宜合作，率部采取水陆并进的方式，连续攻克了湖北孝感、天门、应城、黄州、德安等地，进一步削弱了太平军的力量。鉴于其卓越的表现，朝廷决定擢升彭玉麟为安徽巡抚，并命令他协助钦差大臣袁甲三处理军务。然而，彭玉麟认为自己更擅长军事而非民政管理，担心自己的长处得不到发挥，因此三次辞谢该任命。最终，朝廷尊重了他的意愿，改任他为水师提督，继续发挥他在海军方面的专长。

进入同治元年（1862年），彭玉麟被任命为兵部右侍郎，并奉诏节制镇将。尽管职位提升可能引起同僚间的嫉妒或不满，尤其是与杨岳斌的关系，但彭玉麟通过巧妙地协调双方关系，确保了两人能够和平共事。此外，他还负责监管新设立的太湖水师。同年，彭玉麟率领湘军水师配合曾国荃的陆军进攻江宁府（即太平天国首都天京）。经过一系列艰苦卓绝的战斗，包括攻克铜城闸、巢县、含山、和州等要地，以及突破雍家镇、裕溪口等重要据点，最终占领了长江上的关键位置金柱关。每次战役中，彭玉麟总是亲临前线督战，乘坐小船跟随部队前进，并使用红旗作为指挥标志，以此激励士气。有时，他还会秘密潜入陆军阵地考察作战情况，这种随机出现的方式让所有官兵都不敢有丝毫懈怠。在他的严格监督下，军队纪律严明，所到之处军民均不敢违法乱纪。

随着战事的发展，彭玉麟协同王明山等人攻陷江宁头关，而曾国荃则驻扎于城南雨花台。彭玉麟带领湘军水师进抵江宁护城河口，面对太平军从东坝拖出数百艘战船布防于固城和南漪两湖的情况，彭玉麟果断指挥水师小艇深入湖泊作战，最终击溃敌方防线。接下来的一年里，彭玉麟与杨岳斌再次联手，向江浦发起攻势，迫使守军撤退。随后，他们集中力量攻打九洑洲这个战略要地，在付出重大代价后终于将其攻克。自此以后，湘军水师可以在长江上自由航行，不再受阻。紧接着，彭玉麟又参与了解除青阳之围的行动，并与鲍超部联合攻占高淳、东坝、溧水等地，彻底切断了天京的所有物资补给线。为此，清廷赐予彭玉麟黄马褂以示嘉奖。不久之后，随着杨岳斌调往江西督师，彭玉麟开始独自统领整个湘军水师。

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到了同治三年（1864年），随着天京被清军攻破，标志着长达十余年的太平天国运动正式宣告失败。清廷为了表彰彭玉麟创立湘军水师并在平定叛乱过程中作出的巨大贡献，特地赏加他太子少保衔，并赐封一等轻车都尉世职。