刘肇对有过失之人，也能根据情况，从宽处理。永元九年（公元97年），窦太后去世。由于宫廷紧守秘密，汉和帝为梁贵人所生的事实始终没予公开。窦太后死后，梁家才敢奏明朝廷，为梁贵人讨一个说法。这时，汉和帝也才知道了自己的身世之谜。但在如何安置窦太后的问题上，三公上奏：“请依光武帝黜吕太后故事，贬窦太后尊号，不宜合葬先帝”。刘肇念及窦太后对自己的养育之恩，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应有所降黜，于是不降尊号，追谥章德皇后，对生母梁贵人、养母宋贵人的问题也都妥善安置。梁贵人被追封皇太后。

爱民为本

刘肇体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。而他也常常以此自责，如永元八年（公元96年）京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”忧民之心，殷殷可见。[] 岭南（今广东地区）出产生龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送”，经风历险，劳民伤财。唐羌上书，请求停止，刘肇批示：“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本？其敕太官勿复受献！”爱民之意，发自肺腑。[]

宦官政策

在刘肇夺回政权的过程中，参与者除了清河王刘庆与大臣丁鸿之外，宦官郑众也帮助刘肇在《汉书·外戚传》中寻找皇帝诛杀外戚的故事，为刘肇的决策提供了更多参考[] 。虽然郑众提出“亟行其诛”的建议并未被刘肇采纳[] ，但当时大多宦官都依附窦氏外戚，唯独郑众一心忠于汉室，不巴结窦氏一党，得到了汉和帝的信任。

刘肇夺回权力后，派郑众到皇后所居的长秋宫任职，担任大长秋，成为阴皇后的近侍。而在策勋班赏的过程中，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得刘肇的赞赏。因此，刘肇常与他商量事情。《后汉书》作者范晔认为东汉“中官用权，自（郑）众始焉”[] ，但也有学者提出异议，指出和帝时期宦官郑众并无多大权力，郑众担任的大长秋仅仅是管理后宫事务，郑众本人直到永元十四年（公元102年）才被封为郸乡侯，食邑也只有一千五百户[] ；且宦官封侯并非刘肇首创，西汉时期吕后就曾给宦官封侯[] 。

经济

经济上，刘肇多次下诏赈济灾民[] 、安置流民[] ，并减免赋税[] ；要求勿违农时，以保证农业生产时间[] 。在他统治时期，东汉垦田面积达732万多顷（公元105年），为东汉一代之最；户籍人口达5325万多人[] 。

抚恤百姓

永元五年（公元93年）二月，刘肇下令将京师洛阳上林苑、广成苑的果园借给贫民，让他们随意采摘，不收税。[] 永元十一年（公元99年）二月，刘肇派人巡视各郡国，下令让受灾不能养活自己的人到山林池泽中捕捞采集食物，不收税。[]

永元十六年（公元104年）春正月，刘肇下诏对有田业却匮乏不能自农的贫民，发放粮食种子。夏四月，派三府掾分行四州，为没有耕牛的贫民，提供一定费用为其雇牛耕种，从而促进了牛耕的普及。[]

惩办豪强

永元五年（公元93年）二月，刘肇考虑到去年秋麦收成不好，担心百姓粮食不够，便要求各郡国上报贫困不能自给的户口人数。同时指出“以前郡国上报的贫民，用衣鞋和炊具当饭钱，而豪强却以此谋利。”于是刘肇下旨查办。如果有郡国长官不能亲自耕种，反而愁扰百姓，若有再犯的，二千石的长官先坐牢。